Laboratorio virtuale per l’identificazione di batteri

Laboratorio virtuale per l’identificazione di batteri

Introduzione: Siete curiosi di sapere come un moderno laboratorio identifica i batteri dal DNA? Provate a farlo voi stessi.

Cose da fare: Si tratta di un’applicazione interattiva che vi permette di fare passo a passo le varie operazioni di laboratorio. Tutto il materiale scritto e’ inglese ma e’ semplice seguire le istruzioni perche’ per passare al passo successivo basta di solito cliccare su qualcosa. Basta muovere il mouse per capire (dal fatto che il cursore cambia) qual’e’ l’oggetto da cliccare. Alla fine ottenete la sequenza del DNA come una serie di caratteri ATCG che dovete copiare e incollare nel modulo di ricerca di un sito online che cerca una qualsiasi sequenza tra tutti i genomi memorizzati e vi ritorna il risultato (cliccate su BLAST in basso a sinistra per far partire la ricerca).

L’immagine sopra vi collega alla pagina iniziale dove dovete cliccare sulla fotina col triangolino.

Cosa succede: L’uso del DNA ha reso molto piu’ semplice il riconoscimento di microbi per risalire alla causa di una malattia. Non e’ piu’ necessario guardare al microscopio i batteri. Basta centrifugarli, estrarre il DNA , separare un piccolo spezzone sufficiente a identificare il tipo di batterio e poi usare un’apparecchiatura apposita (DNA sequencer) che  ritrova il codice di questo frammento. Per i batteri e’ sufficiente un piccolo frammento di RNA ribosomale (16S rRNA).

Ad esempio la seguente sequenza:

AACGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGCACCTTTTAG
AGTGAGCGGCAAACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCCATCTCTACGG
AATAACACAGAGAAATTTGTGCTAATACCGTATACGTCCTATTTGGAGAAA
GATTTATCGGAGATGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTA
ACGGCTCACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCA
CACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAA
TATTGGACAATGGGNGCAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAA
GGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCACCGGTGAAGATAATGACGGTAACCG
GAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGG
GGCTAGCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCATGTAGGCGGATATT
TAAGTCAGAGGTGAAATCCCAGGNCTCAACCCTGGAACTGCCTTTGATACT
GGGTATCTTGAGTGTGGAAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTAAA
ATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGTCCA
TTACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC
TGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGCGGTTTACTGC
TCGGTGGCGCAGCTAACGCGTTAAACATTCCGCCTGGGGAGTACGGSSGCA
AGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATG
TGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATCCCGA
TCGCGGAAGGTGGAGACACCCTCCTTCAGTTAGGCTGGATCGGAGACAGGT
GCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGC
AACGAGCGCAACCCTCGCCCTTAGTTGCCAGCATTTGGTTGGGCACTCTAG
GGGGACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCT
CATGGCCCTTACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTG
GGCAGCGAAGTCGCGAGGTCGAGCTAATCTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGG
ATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG
ATCAGCATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTC
ACACCATGGGAGTTGGTTTTACCCGAAGGTGCTGTGCTAACCGCAAGGGGG
CAGGCAACCACGGTAGGGCCAGCGACTGGGGTG

corrisponde a  batteri del genere Bartonella collegati a svariate malattie.

BLAST indica sia l’algoritmo usato per confrontare la sequenza cercata con l’archivio di sequenze memorizzate, sia il servizio fornito dalla NCBI che utilizza il programma.

L’applicazione interattiva stessa e’ fornita da un famoso laboratorio di ricerca americano HHMI assieme ad altri materiali didattici che includono corsi completi tutti accessibili attraverso BioInteractive.

Commenti:

Altri applet di scienze biologiche

L’applicazione interattiva ha come indirizzo

http://www.hhmi.org/biointeractive/bacterial-identification-virtual-lab e fa parte di BioInteractive  

©  Howard Hughes Medical Institute

Titolo in inglese: Bacterial Identification Virtual Lab

Ricerca di pagine che hanno link a questo materiale .

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